巴中市水污染防治著力截污治污，力爭到2020年，地表水環境質量優良率達100%。
綜合整治河流污染。全面推行河長制，綜合治理黑臭水體，實施河道砂石禁采，年底前頒布河道砂石全域禁采市長令，2019年完成檬子河等5條黑臭水體治理，確保全市1100條河流水質達Ⅲ類及以上水質標準。
強化飲用水源保護。實施飲用水環境安全保障行動,堅持保護與提升并重，劃定城市集中式飲用水水源保護區7個，鄉鎮飲用水水源保護區263個，實施4589處農村集中式飲用水水源地達標建設，完成城鄉集中式飲用水源地隱患排查整治任務。
著力面源污染控制。推進畜禽養殖污染防治，推行種養循環綜合利用型生態治理模式，完善垃圾滲濾液處理系統建設和城鄉生活污水處理管網配套，生態治理規模養殖場1280處，建成市、縣垃圾滲濾液處理系統7個，投運鄉鎮污水處理站187個。
